化學腳本編輯器的設計與實現.pdf

1、計算化學是化學與計算機科學高度交叉、相互滲透的新興學科。主要研究內容包括：化學知識(如化學表達式、化學反應及其機理和條件等)的計算機表示；化學反應機理的理論計算、分子模擬等。目前已有許多化學軟件應用在不同的計算化學領域，如Gaussian是從頭計算使用最廣泛的化學軟件，是研究諸如取代效應，反應機理，勢能面等的有力工具；MOPAC是使用最廣泛的半經驗量化程序，用于研究氣體，溶液和固體的化學特性等。這些軟件的普遍應用大大推動了計算化學的飛速

2、發(fā)展。隨著化學研究問題的復雜度越來越高，化學家需要采用眾多軟件協同完成研究工作，這使得以網格技術為基礎的化學研究環(huán)境受到越來越多的重視。網格環(huán)境具有資源共享的特性，多種計算化學相關的軟件可以協作處理用戶所提交的任務。
　　 然而，不同的軟件使用的腳本語言不同，這就導致化學家在使用這些資源時，不得不掌握它們各自規(guī)定的語言，這在很大程度上限制了計算化學的發(fā)展，成為各種計算化學在實際應用中的一個瓶頸問題。 UDLC(UnifiedJo

3、b-Description Language on Chemical-Grid)研究目標是在已有化學軟件的腳本語言的基礎上，借助形式語言學的方法，設計一種面向化學家的通用化學作業(yè)描述語言，使其既具有化學軟件腳本語言描述準確、執(zhí)行效率高等優(yōu)點，又符合化學家的日常書寫習慣，最大限度地滿足計算化學相關研究工作的需要。在語法實現的過程中，如何抽取現有化學軟件腳本語言的共性成為實現UDLC最終目標至關重要的一個組成部分。因此作為前期準備工作，設計

4、和開發(fā)一種可以支持多種化學語言的編輯器成為必不可少的一部分。
　　 本論文的研究目標是設計并實現一個支持多種化學腳本語言的編輯器。本文在論述了計算化學特點并分析網格應用特點，探討國內外化學腳本編輯器的基礎上，針對目前計算化學領域流行的腳本編輯器的特點，提出了化學腳本編輯器的整體開發(fā)思路，并提供了化學腳本編輯器針對高斯腳本的具體實現。該化學腳本編輯器不僅為化學家提供了語法檢查功能，而且提供語法高亮、鼠標雙擊、內容提示、文本裝飾、文

5、本懸浮幫助、標注懸浮幫助、快速幫助、超鏈接、模版、腳本結構展示等輔助性功能。
　　 本文的主要工作及研究成果如下：
　　 1.通過調研已有的編輯器構架，提出了構建化學腳本編輯器的總體設計思路。
　　 2.通過深入調研各種化學軟件所提供的編輯器特點，總結其共性，確定了本化學腳本編輯器所應具備的功能。
　　 3.通過研究Eclipse插件開發(fā)機制、JFace文本框架、DLTK框架，結合所提出的化學腳本編輯器整