蛋白-蛋白對接方法的發(fā)展及與實驗數據結合的應用.pdf

1、研究蛋白復合物結構對理解蛋白功能非常重要,用計算的方法來進行蛋白-蛋白對接是對實驗測定復合物結構的重要補充?；诳焖俑盗⑷~變換的蛋白-蛋白對接方法是一個廣泛應用的對接技術,它能夠快速的對復合物中配體相對于受體的旋轉和平移空間進行全局搜索。我們對現(xiàn)有的基于快速傅立葉變換的對接方法進行了改進。首先,根據對誘餌集合的統(tǒng)計分析,給出了更為適合對接的參數。然后我們修改了在配體每個旋轉方向上保留構象的策略,避免保留的構象過于相似。對測試集合中的蛋白

2、對接結果表明,相比原來的FTDOCK程序,我們的方法提高了對接成功率和平均近天然構象數。然后,我們將HADDOCK中用到的模糊的相互作用約束變成一個簡單的打分函數,根據模擬的實驗數據對上一步保留的構象進行重新打分,使對接結果有進一步改進。另外,我們還用我們的方法對HADDOCK中提供的三個有實驗數據的復合物進行了對接,結果表明用基于傅立葉變換的蛋白-蛋白對接方法和實驗數據結合可以給出比較可靠的對接結果。
　　 在第三章中,我們用