采用AFLP和SSR分析鯉生長(zhǎng)不同階段的遺傳結(jié)構(gòu)及遺傳差異.pdf

1、在對(duì)鯉進(jìn)行遺傳多樣性分析時(shí),發(fā)現(xiàn)很多標(biāo)記不平衡的現(xiàn)象;在對(duì)鯉進(jìn)行QTL分析中和基于單家系的遺傳作圖中,發(fā)現(xiàn)了很多偏離平衡的位點(diǎn),這說明某一種基因型嚴(yán)重偏離孟德爾平衡比例,對(duì)于這種現(xiàn)象出現(xiàn)的原因還不清楚。本研究利用高效的AFLP和SSR分子標(biāo)記技術(shù),掃描一個(gè)單家系鯉不同生長(zhǎng)階段(出膜前、出膜后平游前、平游時(shí)、秋天成魚)的全基因組DNA,分析了鯉出膜前后部分基因型差異;利用偏離平衡的標(biāo)記對(duì)不同發(fā)育階段進(jìn)行分析,獲得了該單家系鯉的遺傳多樣性數(shù)

2、據(jù),比較在生長(zhǎng)發(fā)育四個(gè)階段的遺傳結(jié)構(gòu)和遺傳差異,以期揭示在哪個(gè)階段開始出現(xiàn)不平衡現(xiàn)象以及遺傳多樣性變化規(guī)律。對(duì)鯉分子生物學(xué)基礎(chǔ)研究具有重要理論和現(xiàn)實(shí)意義,同時(shí),也為評(píng)估鯉種質(zhì)資源,建立其遺傳多樣性數(shù)據(jù)庫(kù)提供依據(jù)。主要結(jié)果如下:
　　本研究利用AFLP標(biāo)記技術(shù),對(duì)出膜前和平游前兩個(gè)階段正常及狀態(tài)不佳群體(畸形群體)進(jìn)行分析。主要結(jié)果和結(jié)論如下:
　　1.出膜前多態(tài)位點(diǎn)平均比例為23.48％,略高于出膜后多態(tài)位點(diǎn)平均比例22.0

3、5％。就多態(tài)性位點(diǎn)比例來(lái)說正常個(gè)體與死亡或狀態(tài)不佳群體差異不大。
　　2.通過篩選,64對(duì)AFLP引物中,共35對(duì)引物存在多態(tài)性位點(diǎn);8對(duì)引物存在差異條帶,共得到13個(gè)差異條帶。在3299個(gè)位點(diǎn)中,單態(tài)性位點(diǎn)3145個(gè),多態(tài)性位點(diǎn)154個(gè)平均多態(tài)率為4.67％。多態(tài)比率較低。
　　3.在設(shè)計(jì)的50對(duì)SCAR標(biāo)記中,有3對(duì)引物為陽(yáng)性克隆,其余47對(duì)為假陽(yáng)性克隆,假陽(yáng)性中有3對(duì)為多態(tài)性的克隆和44對(duì)為單態(tài)性的克隆。假陽(yáng)性比例較高

4、。
　　4.對(duì)能得到的陽(yáng)性克隆序列和部分假陽(yáng)性序列在NCBI中運(yùn)行BLAST程序同其他魚類序列進(jìn)行比對(duì),結(jié)果發(fā)現(xiàn)得到功能序列包括: PEG-10蛋白、ATP依賴的RNA解旋酶裝飾基因DDX4、細(xì)胞程序死亡蛋白7類似物、干擾素因子5、斑馬魚細(xì)胞活素信號(hào)抑制因子6類似物、同源抗原Ma1。
　　本研究應(yīng)用SSR分子標(biāo)記技術(shù),從前期190圖譜[117]中三個(gè)具有代表性的富含不平衡熱點(diǎn)的三個(gè)連鎖群中篩選31對(duì)具有多態(tài)性的引物對(duì)鯉自交F

5、2代四個(gè)階段共384尾個(gè)體進(jìn)行基因型分析,得到了這些階段遺傳多樣性變化趨勢(shì)并構(gòu)建了四階段的遺傳連鎖群,進(jìn)而比較了鯉不同生長(zhǎng)階段連鎖情況的異同,主要獲得了以下主要結(jié)果:
　　1.鏡鯉各發(fā)育階段的遺傳變異從高到低的排序均為A>B>C>D,這不僅反映了鏡鯉具有豐富的遺傳多樣性,且表明后代個(gè)體對(duì)環(huán)境變化的適應(yīng)能力變強(qiáng)。
　　2.通過popgene3.2算得H-W值來(lái)進(jìn)行比較,根據(jù)表中結(jié)果顯示所有標(biāo)記均大于0.05均滿足哈德溫伯格平衡

6、,但在數(shù)值上呈現(xiàn)出一定規(guī)律的變化,大致可以分為
　　3種情況:逐漸下降趨勢(shì)、平緩發(fā)展趨勢(shì)及逐漸上升趨勢(shì)、逐漸下降趨勢(shì)的標(biāo)記,這些標(biāo)記數(shù)量分別占總數(shù)的34.5％、46.7％、18.8％。
　　3.通過聚類分析可以看出鏡鯉種群4個(gè)不同發(fā)育階段可分為兩大組,一組是A階段和B階段先聚到一起再和C階段聚到一起為一個(gè)大支,D階段單獨(dú)為一支。這與其發(fā)育階段基本吻合,即發(fā)育階段越接近,其遺傳距離也相對(duì)較小。
　　4.190圖譜中三個(gè)連